De behandeling van tuberculose begint zodra de diagnose is gesteld. Soms besluit de arts zelfs te behandelen als alleen al het vermoeden van tuberculose bestaat. Vaak wordt dat vermoeden later bevestigd, bijvoorbeeld door een bacteriekweek, maar niet altijd. Blijkt tijdens de behandeling dat de bacterie ongevoelig is voor een van de gebruikelijke vier antibiotica, dan moet de behandeling worden verlengd. Dit gebeurt dan met een aangepaste geneesmiddelencombinatie.  

De behandeling kent een eerste intensieve fase van twee maanden en een vervolgfase van nog eens vier maanden. Tijdens de eerste fase slikt de patiënt meestal vier geneesmiddelen: isoniazide (INH), rifampicine, pyrazinamide en meestal ethambutol. Tijdens de vervolgfase worden alleen nog isoniazide en rifampicine gebruikt. Vaak krijgt de patiënt ook vitamine B6 (pyridoxine) om eventuele bijwerkingen van isoniazide te voorkomen. In de eerste fase wordt de hoeveelheid bacteriën in het lichaam sterk gereduceerd. Pas in de vervolgfase worden alle bacteriën onschadelijk gemaakt.  

Het is zeer belangrijk dat de patiënt de medicijnen regelmatig en steeds op hetzelfde tijdstip inneemt, en de behandeling niet voortijdig afbreekt. De kans is anders groot dat tuberculose later opnieuw de kop opsteekt. Bovendien bestaat dan het risico dat de bacterie ongevoelig is geworden voor de medicijnen (resistent). Dit bemoeilijkt een succesvolle behandeling en maakt deze veel duurder.  

De diagnose 'tuberculose' zorgt bij veel mensen voor onrust. Goede opvang en professionele begeleiding zijn dan ook heel belangrijk. Deze begeleiding is een van de essentiële onderdelen van de behandelmethode die met succes wereldwijd wordt toegepast: de DOTS-methode.  

Aard en intensiteit van de begeleiding kunnen sterk verschillen van patiënt tot patiënt. Deze hangen af van de behoefte van de patiënt en de inschatting van de begeleider. Voor de een is het prettig of noodzakelijk als dagelijks iemand langskomt om bij de inname van de medicijnen aanwezig te zijn. De ander heeft genoeg aan een wekelijks bezoek of een andere vorm van behandeling. Velen blijken echter het regelmatig slikken van medicijnen buitengewoon moeilijk te vinden. Vooral als de klachten na een paar weken verdwijnen, of als er bijwerkingen zijn. In Nederland begeleidt de sociaal verpleegkundige van de GGD de patiënt. Zodra deze bekend is bij de GGD neemt de sociaal verpleegkundige contact op voor het maken van een eerste afspraak. Tijdens deze kennismaking krijgen patiënt en diens verwanten antwoord op al hun vragen over de ziekte en het verloop. Ook geeft de sociaal verpleegkundige nog eens uitleg over het juiste gebruik van de medicijnen. Over de verdere behandeling worden onderlinge afspraken gemaakt. In de praktijk blijkt dat ook in Nederland 90% van de patiënten de extra hulp en stimulans van de sociaal verpleegkundige hard nodig heeft om de behandeling van begin tot eind vol te houden.